2011 júniusában a Vatikán Domenico Mogaverót, az úgyszintén szicíliai Mazara del Vallo püspökét kérte meg, hogy vizsgálja ki a helyzetet. Az eredmény Miccichè elmozdítása lett. A püspök május 19-i közleményében úgy fogalmazott: feljebbvalói nem értik a helyzetet. Szerinte elmozdítása az olyan egyházon kívüli erők munkájának köszönhető, amelyek nem szívlelték a szabadkőművesség és a maffia elleni kiállását. Mindazonáltal engedelmességgel fogadja a döntést.
Ez a második alkalom két év alatt, hogy a pápa hivatalban lévő püspököt mozdít el, elsőként az ausztráliai Toowoomba püspökét, William Morrist tette le, aki sajátos nézeteket vallott a cölibátusról, a liturgiáról és az egyházkormányzatról.
A trapani egyházmegye élére apostoli kormányzóvá nevezte ki a pápa Alessandro Plotti nyugalmazott pisai érseket „ad nutum Sanctae Sedis”.